Yoshi Nishikawa Blog

医学となにかのインタラクティブ

研究

Author contribution / 論文著者の役割

投稿規定に導入されている雑誌も多いですが、 ICMJE( International Committee of Medical Journal Editors)の下記ページが参考になります。 http://www.icmje.org/recommendations/browse/roles-and-responsibilities/defining-the-role-of-authors-and-con…

マルチレベルモデルの学習に良いウェブコンテンツ

Course topics | Centre for Multilevel Modelling | University of Bristol 地域研究などで多用される、「マルチレベルモデル」の学習には、このブリストル大学のウェブサイトが秀逸です。 登録すれば、無料で閲覧できます。

日本語文献をレファレンスとして記す

地域のこと、日本初のこと、日本語文献を英文に引用したいことありませんか。 日本では当たり前だけど海外では全然知られていない、といった場合には、 日本語文献しかないことがあります。 英語論文執筆時に、このような日本語文献をレファレンスとして記載…

Rで質問紙調査のサンプルサイズ計算を行う

今日は、質問紙調査でのサンプルサイズ計算をrで行います。 samplingbook を用います。 早速、関数からみていきましょう。 install.packages("samplesize") library(samplesize) sample.size.prop(e=, P=, N=, level=) Arguments e positive number specifyi…

レセプトデータから医療の実態に迫る

レセプト レセプト - Wikipedia は、医療報酬の明細書です。 まさにレシート、のことですね。 診療報酬の請求のためにつける病名があり、 実態を反映していないとの意見もありますが、 診療行為や病名と組み合わせて使えば、 診療実態を明らかにすることが可…

症例報告の同意について

症例報告 これには、基本的には外部発表に際して、症例同意が必要です。 *ゲノムを用いるものなど、特殊なものは別で、倫理委員会による審査+同意が求められます。 倫理まわりの背景 個人情報保護法の改正に伴い、臨床研究まわりは倫理的配慮が厳格化されま…

【英語論文投稿の評価サイト】SciRev(サイレブ)で投稿先を見つける

英語論文発表までの道のり 英語論文は、執筆、投稿、査読、リバイズ、受理、と、長い道のりです。 そこで大切なのが、「投稿先」。 投稿先を決める際に気にすること 投稿先を決める際に、雑誌のScope、読者層、出版社の国、などを気にします。 でも、実務上…

症例報告、英語論文投稿までのプロセス

症例報告、英語論文投稿までのプロセス 今回は、症例報告、英語論文投稿までのプロセスを因数分解します。 英語論文は、書いていれば良いだけではなく、 以下のようなステップを経て、ようやく投稿できます。 着想 説明・同意 論文執筆 投稿先の体裁にあわせ…

逆に「肩書」を気にする〜当該地域の関係者でないのでは?と指摘された話

今日は研究発表における反省例を。 私は、京都と福島で診療をしています。 地域で色々と活動していると、 「組織」としてよりは、「個人」としての活動が増え、 肩書も増えてきます。 私は、東日本大震災被災地の地域医療の研究を行っているのですが、 とあ…

論文投稿注意書き[New submission状態の持続]

論文投稿の際に、"New submission"がずっと続いている場合、著者確認がなされていない可能性があります。 通常は"Editor assigned"や"Under review"などに変わります。 ご注意を。

RMarkdownで表を出力する

訳者の方からご恵贈頂いた、 Rプログラミング本格入門 第15章「生産性を高める」 より、とてもためになったので、自分なりに実践したことを記してみます。 動機 RMarkdownで出力したhtmlレポートに、キレイな表を入れたい。 やってみた carsをdata table型で…

reviseをwithdrawした話

今回は、「revise案件を取り下げたという実体験」を、ここにまとめておきます。 論文投稿から掲載までのプロセスは、 執筆→査読→リバイズ→受理 という流れです。 今回、とある雑誌にリバイズ(minor revision)になったにも関わらず、 まったくトンチンカン…

介護研究ことはじめ: Long-term care

介護の重要性 地域医療に携わって、介護の重要性を再認識する日々です。 先進国における、世界的な少子高齢化トレンドを反映して、 自宅で高齢者のことをみることが困難になっています。 そうして、療養施設などに頼るのですが、 なかなか需要と供給が追いつ…

Case report (症例報告) を投稿する2017

臨床をおこなっていると、貴重orメッセージ性のある症例にあたることがあります。 方法と結果は日常臨床で行っていることをcase presentationすれば良いし、introductionとdiscussionはしっかりと記載する必要があるので、臨床医の論文執筆の第一歩には最適…

Rを使って負の二項分布で回帰する Negative binomial regression

裾の長いカウントデータを扱いたい(外れ値が有る)ときに、負の二項分布を仮定したモデリングを考える。 MASS packageにはいっていたので、覚書として残しておく。 R: Fit a Negative Binomial Generalized Linear Model 以下で実行できる。 library(MASS) …

論文を書く際の統計的表現について

論文執筆の際、p値はどう記載するんですか? 有効数字は? 有意差なしはNSだけでよいですか? 0.05未満は<0.05でよいのですか? ・・・ このように聞かれたり、議論になったりすることがあるので、纏めておきます。 あくまで、一例ですが、Annals of Interna…

Rを使って時系列データの変化点をみつける: changepoint

時系列データを扱う時に、変化点を見つけたいことがある。 Rにchangepointというパッケージがあるので、実装してみる。 1つのchangepointはdefaultのmethod = AMOCで良い。 複数のchangepointであれば、methodでPELT, SegNeighやBinSegを指定すれば良い。 #…

計量経済分析ことはじめ~時系列データを正しく扱う~

Rによる計量経済分析を読んだ。このシリーズはとても勉強になる。 書籍のHPはこちら キーワードと、キーとなるパッケージ・関数を列挙しておく。 時系列データを扱う時の問題点がわかりやすく解説されていて、よかった。 クロスセクションデータの回帰分析 …

分散分析についてANOVA(Analysis of Variance)

分散分析 数学いらずの医科統計学で、統計の概念的な理解を深めているのですが、 分散分析の理解については、以下の書籍や、リンクなどを参考に数式含めて再学習しました。 この東京大学出版会シリーズ、赤の統計学入門、緑の人文・社会科学の統計学と並んで…

レターを投稿する

レターとは いわゆるレターとは、簡単に言うと、読者の投稿欄へのお手紙です。論文を読んで浮かんだ疑問点について著者へ問い合わせ、議論します。 critical appraisal (批判的吟味)の力を養うことが出来ます。 たかがレター、とも言われますが、されどレタ…

tableone パッケージでtable1をつくる

臨床研究のtable1は 臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1 八割がたこういう患者背景だ。 (リンク先が「図」表記になっているッ・・・!) これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・ tableone table1 = 表1だ。 …

AGREEII~ガイドライン評価のためのガイドライン

equator network The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 AGREEII ガイドライン評価にもAGREEII (Appraisal of Guidelines for Research&Evaluation…

ggplot2で平均値の推移をプロットする

http://nfunao.web.fc2.com/files/sgplot_vs_ggplot2.pdf http://nfunao.web.fc2.com/files/R-ggplot2.pdf CRAN - Package doBy このあたりが参考になる。 ちなみに、 package “gplot"には、plotmeansという便利関数がある。

Deep Learningことはじめ

読んだ。 これ一冊でDeep Lerningの理解は事足りる。とにかくわかりやすく記述されている。 1章 Python入門 1.1 Pythonとは 1.2 Pythonのインストール 1.3 Pythonインタプリタ 1.4 Pythonスクリプトファイル 1.5 NumPy 1.6 Matplotlib 1.7 まとめ 2章 パーセ…

査読に関して

staff.aist.go.jp このサイトは役に立ちそうだ。

ゲーム理論ことはじめ

まずは1-3章を読んだ。 ナッシュ均衡 相手が戦略を変えない限り、自分に戦略を変えるメリットがない戦略の組み合わせ 両性の戦い チキンゲーム 囚人のジレンマゲーム パレート最適 他者を犠牲にすることなく厚生を改善する余地が、誰にとってもなくなってい…

NAのある行を削除する

ある変数hogeの中に、NA(欠測値)があり、それを含む行だけを削除したい時。 data[complete.cases(data$hoge), ] でOK。

記述統計に立ち返る

記述統計にはいつもsummaryを使っていたが、 summary(data) を利用していたが、psych パッケージの describe(data) mean, sd, median, range, se, (歪度: skewness)https://en.wikipedia.org/wiki/Skewness, (尖度: Kurtosis)https://en.wikipedia.org/wiki/…

施設に関するCase studyを記す

Developing a methodological framework for organisational case studies: a rapid review and consensus development process | The EQUATOR Network 読んだ。 Case studyもヘルスサービスリサーチとして、研究のガイドラインが存在する。 本編はこちら チ…

Content analysisことはじめ

読んだ。意訳だが、各項目を列挙しておく。 歴史 その概念形成 その利用と推論 内容分析のロジック 利用 サンプリング 記録・コーディング データ言語 分析の構成 分析の代表的手法 コンピューターによる補助 信頼性 妥当性 実践ガイド 内容分析の歴史は古く…