読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

Yoshi Nishikawa's Blog

データと知識、その調和平均。

tableone パッケージでtable1をつくる

臨床研究のtable1は 臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1 八割がたこういう患者背景だ。 (リンク先が「図」表記になっているッ・・・!) これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・ tableone table1 = 表1だ。 …

AGREEII~ガイドライン評価のためのガイドライン

equator network The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 AGREEII ガイドライン評価にもAGREEII (Appraisal of Guidelines for Research&Evaluation…

ggplot2で平均値の推移をプロットする

http://nfunao.web.fc2.com/files/sgplot_vs_ggplot2.pdf http://nfunao.web.fc2.com/files/R-ggplot2.pdf CRAN - Package doBy このあたりが参考になる。 ちなみに、 package “gplot"には、plotmeansという便利関数がある。

Deep Learningことはじめ

読んだ。 これ一冊でDeep Lerningの理解は事足りる。とにかくわかりやすく記述されている。 1章 Python入門 1.1 Pythonとは 1.2 Pythonのインストール 1.3 Pythonインタプリタ 1.4 Pythonスクリプトファイル 1.5 NumPy 1.6 Matplotlib 1.7 まとめ 2章 パーセ…

査読に関して

staff.aist.go.jp このサイトは役に立ちそうだ。

ゲーム理論ことはじめ

まずは1-3章を読んだ。 ナッシュ均衡 相手が戦略を変えない限り、自分に戦略を変えるメリットがない戦略の組み合わせ 両性の戦い チキンゲーム 囚人のジレンマゲーム パレート最適 他者を犠牲にすることなく厚生を改善する余地が、誰にとってもなくなってい…

NAのある行を削除する

ある変数hogeの中に、NA(欠測値)があり、それを含む行だけを削除したい時。 data[complete.cases(data$hoge), ] でOK。

記述統計に立ち返る

記述統計にはいつもsummaryを使っていたが、 summary(data) を利用していたが、psych パッケージの describe(data) mean, sd, median, range, se, (歪度: skewness)https://en.wikipedia.org/wiki/Skewness, (尖度: Kurtosis)https://en.wikipedia.org/wiki/…

施設に関するCase studyを記す

Developing a methodological framework for organisational case studies: a rapid review and consensus development process | The EQUATOR Network 読んだ。 Case studyもヘルスサービスリサーチとして、研究のガイドラインが存在する。 本編はこちら チ…

Content analysisことはじめ

読んだ。意訳だが、各項目を列挙しておく。 歴史 その概念形成 その利用と推論 内容分析のロジック 利用 サンプリング 記録・コーディング データ言語 分析の構成 分析の代表的手法 コンピューターによる補助 信頼性 妥当性 実践ガイド 内容分析の歴史は古く…

5-フルオロウラシルによる高アンモニア血症では、異化産物のFBALとFMAが蓄積

抗がん薬5-FUで時々起こる「高アンモニア血症」を起こした症例の5-FU代謝物の血中濃度分析に関する論文の解説記事です。1990年代から仮説として提唱されていたことを実データとともに示しました。

フォレストプロットを描く~JMP編

JMP JMPという統計ソフトを用いて学んだ。 www.jmp.com SAS社が開発したソフトウェア。 Forest plot 以下のページでforest plotというアドインを以下で取得。Rでいうpackageですね。 community.jmp.com 同ページ内においてあったRosaMeta.jmpで作成 同ページ…

Epidemiology and the Delivery of Health Care Services: Methods and Applications

ざっと読んだ。 PART1 1. An Epidemiologic Framework for the Delivery of Health Care Services 2. Measurement Issues in the Use of Epidemiologic Data 3. Descriptive Epidemiological Methods 4. Epidemiological Study Designs for Evaluating Healt…

Pubmedで文献検索

文献検索には型がある EBM資料集−最もシンプルで分かりやすいPubMed 検索法 [The SPELL] 文献検索とCritical Reading 若手研究者のためのシステマティックレビューの書き方指南 | Editage Insights 文献検索を我流でやっている勢も多いのではないかと思う今…

データ解析チートシート cheat sheet

チートシート R Studioのウェブサイトにまとまっており、 www.rstudio.com 以下のように様々なチートシートがある。 Data Wrangling with dplyr and tidyr Cheat Sheet Data Visualization with ggplot2 Cheat Sheet これは便利だ。

Network Meta-Analysisについて

Network Meta-Analysis (NMA) 従来のメタアナリシスの課題 従来のメタアナリシスでは、2つの治療についての比較しか得られない。例えばうつ病に対する薬剤には多くの種類があり、有効性・安全性・薬価は様々である。 そこで、利用可能なすべての薬剤につい…

google mapを用いてある地点のシェープファイルを生成する

シェープファイル(Shapefile)とは シェープファイル(Shapefile)とは、Esri 社の提唱したベクトル形式の業界標準フォーマットです。Esri 製品はもちろん、多くの GIS ソフトウェアで利用が可能です。シェープファイルは仕様が公開されています。シェープフ…

UGT1A1*28*28と肺癌リスクについて

UGT1A1*28*28と肺癌リスクについての解説記事 最新の研究で、UGT1A1*28*28と肺癌の罹患との関係が明らかになりました。この研究は2016年11月10日のInternational Journal of Clinical Oncology誌(オンライン版)に掲載されました。本稿は、今年読んだ一番好…

羽鳥さんのR4DS

r4ds.had.co.nz データサイエンスとか、ビッグデータとか言った文言が流行っていますが、この際の作業の殆ど前処理です。 データサイエンティストの80%はマエショリストで出来ていると言っても過言ではありません。 世界でマエショリストを夢見るみんなへの…

ワードで目次を作成する

プロトコル 研究プロトコルを作成するときに、目次を連動させたい。 プロトコルをワードで作成している。 TexではなくWord support.office.com 目次の作成(テキストの追加) | 初心者のためのOffice講座 基本は、それぞれの項目タイトル「見出し」に設定し…

質的研究について

質的研究について Qualitative Research 質的研究の方法について、学んでみた。 数値で見るのが量的研究。 そうやって割り切れないものを見るのが質的研究。 調査する事象がどのように生起したか (how) を数値を使って説明する量的研究 (定量調査) とは異な…

標準化罹患比(SIR)と標準化死亡比(SMR)

SIRとSMR ある集団と、基準集団との疾病罹患・死亡の比較の指標について勉強してみた。 標準化罹患比 (SIR, Standardized Incidence Ratio) 人口構成の違いを除去して罹患率を比較するための指標。ある集団の罹患率が、基準となる集団と比べてどのくらい高い…

GIS再入門

岩波データサイエンス vol.4 読んでみた。 今回のテーマは、地理空間情報処理。再入門するには、基礎のところが良かった。あとは、個人情報保護の問題点まで、触れられていてよかった。雰囲気をつかむには良いと思われる。顧客データ等々の専門外のところは…

サンプルの散らばりを評価する dispersion [9章]

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は9章「散らばり」について。 「平均的な人間は1つの乳房と1つの精巣を備える。」 ーーーー統計学者 Des McHale 巻頭言から吹き出した。最高である。そして、「平均的な」議論だけ…

地道に症例報告を記す〜CAREというガイドラインは有用か

論文執筆のためのガイドライン The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 CARE ご多分に漏れず、症例報告にもCARE というガイドラインがある。 内容を…

データ整理にまつわるエトセトラ

お盆のお供にRStan お盆ですね。京都では、有名な五山の送り火があります。 とは言っても、病院に休みはありません。むしろ私は"休日当番"として働いています。その傍ら、「はじめての統計データ分析 ベイズ的<ポストp値時代>の統計学」を読み解いています。…

apply(), tapply()でグループデータに対応する

R の基本 University of California Santa BarbaraのサイトにR: A self learn tutorial が置いてあったので、これを活用しながら、基礎的な計算をRに「お願い」してみます。 Rはフリーソフトですが、慣れるという意味での時間的コストがかかります。本稿は、…

psych packageを用いた心理尺度開発・因子分析

尺度開発 尺度開発の手順 測定概念の決定 construct validity 項目作成content validity パイロット調査→微調整 本調査 各項目の基礎統計量確認 因子分析 factorial validity 信頼性係数の推定 criterion-related validity R Scree Plot psychというpackage…

地道に症例報告を記す〜EBM

症例報告とEBM EBM(Evidence Based Medicine)が浸透したいまだからこそ、症例報告を記すことが重要だと感じている。 EBM エビデンスレベルの1例として下記が挙げられる。[1] I システマティック・レビュー/RCTのメタアナリシス II 1つ以上のランダム化比較…

Rでヒートマップをつくる

ゲノム解析論文では頻出のheatmap(ヒートマップ)をRを用いて作ってみた。各種パッケージがあるようなので、色の設定とあわせて記しておく。 heatmapを使ってみる n1<-6 n2<-20 x<-matrix(rnorm(n1*n2),ncol=n1) x[sample(1:length(x),20)]<-10 heatmap(x) …