Yoshi Nishikawa Blog

医学となにかのインタラクティブ

2018-01-01から1年間の記事一覧

症例報告の同意について

症例報告 これには、基本的には外部発表に際して、症例同意が必要です。 *ゲノムを用いるものなど、特殊なものは別で、倫理委員会による審査+同意が求められます。 倫理まわりの背景 個人情報保護法の改正に伴い、臨床研究まわりは倫理的配慮が厳格化されま…

【英語論文投稿の評価サイト】SciRev(サイレブ)で投稿先を見つける

英語論文発表までの道のり 英語論文は、執筆、投稿、査読、リバイズ、受理、と、長い道のりです。 そこで大切なのが、「投稿先」。 投稿先を決める際に気にすること 投稿先を決める際に、雑誌のScope、読者層、出版社の国、などを気にします。 でも、実務上…

症例報告、英語論文投稿までのプロセス

症例報告、英語論文投稿までのプロセス 今回は、症例報告、英語論文投稿までのプロセスを因数分解します。 英語論文は、書いていれば良いだけではなく、 以下のようなステップを経て、ようやく投稿できます。 着想 説明・同意 論文執筆 投稿先の体裁にあわせ…

Python plotlyを用いてSankey Diagram(サンキーダイアグラム)を作成する

Sankey Diagram(サンキーダイアグラム) plot.ly このダイアグラム、お金の流れや、エネルギーの流れなどでよく目にしますが、 Sankey Diagram(サンキーダイアグラム)と言うそうです。 Sankey Diagram(サンキー・ダイアグラム)は工程間の流量を表現する…

Community detection ~コミュニティを検出する~

コミュニティ検出 ネットワーク上で、コミュニティの検出をしたい 大きくわけて以下がある。 Null model Modularityを最大化 モジュラリティ - Wikipedia しかし、resolution limitという問題がある。 Resolution limit in community detection そのため、n…

Network Science をまなぶ

Network Science networksciencebook.com この本を読みながら勉強していきます! 参考資料 R+igraph - Kazuhiro Takemoto グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(1):グラフ可視化・描画手法 - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ グラフ・ネットワーク分…

Microsoft Word (ワード) で校正結果と突合する〜変更内容の組み込み〜

以前のヴァージョンの原稿からの変更点を知りたい しかし、すべて書き換えられている、こんなことありませんか? 私は、英文校正を提出して、変更点をpdfでもらう。 しかし、肝心のMicrosoft Wordファイル(docファイルやdocxファイル)には、変更点の記載は…

Microsoft Word (ワード) で小数点を変更する

Microsoft Word (ワード) で小数点を書き換えたい 小数点の記載を 「.」(半角ピリオド)から「・」(半角中点) に変更したい。 文末のピリオドではなくて、小数点のピリオドだけを変更したい。 そんなときの話。 置換する 編集→検索→置換 を選択 高度な検索と…

火山爆発指数 VEI (Volcano Explosivity Index)

VEI 8について 1982年にNewhall & Selfにより、提案された火山の区分。 0-8まであり、VEI (Volcano Explosivity Index)と呼ばれる。 区分は、噴出物の量Ejecta volumeによってなされる。 火山爆発指数 - Wikipedia 気象庁|有史以降の火山活動について

逆に「肩書」を気にする〜当該地域の関係者でないのでは?と指摘された話

今日は研究発表における反省例を。 私は、京都と福島で診療をしています。 地域で色々と活動していると、 「組織」としてよりは、「個人」としての活動が増え、 肩書も増えてきます。 私は、東日本大震災被災地の地域医療の研究を行っているのですが、 とあ…

【geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした 】と言われ続ける運命に抗う

RでGISデータ解析を進めたくて、 ggplot2でsfデータを扱える、 geom_sf()関数を用いたい・・・ しかし、何度やっても geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした というエラー表示が出てしまう・・・ というので悶々としていたの…

論文投稿注意書き[New submission状態の持続]

論文投稿の際に、"New submission"がずっと続いている場合、著者確認がなされていない可能性があります。 通常は"Editor assigned"や"Under review"などに変わります。 ご注意を。

公開データセット集・解析方法集

忘備録に。 統計、機械学習関係の教育機関サイト DataSets < Main < Vanderbilt Biostatistics Wiki UCI Machine Learning Repository stats.idre.ucla.edu Centre for Multilevel Modelling | Centre for Multilevel Modelling | University of Bristol Pur…

Rでダイアグラムを作成する

質的研究におけるCoding Tree library(data.tree) theme <- Node$new("テーマ") category1 <- theme$AddChild("あ") code1 <- category1$AddChild("い") code2 <- category1$AddChild("う") category2 <- theme$AddChild("AA") code3 <- category2$AddChild(…

評価者間信頼性(検者間信頼性) inter-rater reliabilityをRで算出する

IRRとは inter-rater reliability の略であり、 日本語では、評価者間信頼性となる。 評価者間信頼性 評価者間信頼性(検者間信頼性)は、2人以上の評価者が同じ対象を評価した場合の一致度です 評価者内信頼性 評価者内信頼性、検査者内信頼性は、同一評価…

【解決済】Anacondaが起動してすぐ落ちる問題

Macを使用していて、Pythonがすぐ落ちてしまい、何も出来ない。 anacondaプロンプトで以下を入力 conda update anaconda-navigator アップデートを行い、 anaconda-navigator 無事立ち上がりました。

RMarkdownで表を出力する

訳者の方からご恵贈頂いた、 Rプログラミング本格入門 第15章「生産性を高める」 より、とてもためになったので、自分なりに実践したことを記してみます。 動機 RMarkdownで出力したhtmlレポートに、キレイな表を入れたい。 やってみた carsをdata table型で…

reviseをwithdrawした話

今回は、「revise案件を取り下げたという実体験」を、ここにまとめておきます。 論文投稿から掲載までのプロセスは、 執筆→査読→リバイズ→受理 という流れです。 今回、とある雑誌にリバイズ(minor revision)になったにも関わらず、 まったくトンチンカン…

介護研究ことはじめ: Long-term care

介護の重要性 地域医療に携わって、介護の重要性を再認識する日々です。 先進国における、世界的な少子高齢化トレンドを反映して、 自宅で高齢者のことをみることが困難になっています。 そうして、療養施設などに頼るのですが、 なかなか需要と供給が追いつ…