tableone パッケージでtable1をつくる
臨床研究のtable1は
臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1
八割がたこういう患者背景だ。
（リンク先が「図」表記になっているッ・・・！）
これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・
tableone
table1 = 表１だ。 早速つかってみる。UCIのopen data "fertility"を用いる。
library(tableone)
res<-read.csv("http://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/00244/fertility_Diagnosis.txt", na.strings = "NA", as.is=T, header = F)
colnames(res) <- c("season", "age", "childish_diseases", "trauma", "surgery", "fever", "alcohol", "smoking", "sitting", "diagnosis")
#Create a variable list which we want in Table 1
listVars <- colnames(res)[-c(1)]
#Define categorical variables
catVars <- listVars[-which(listVars %in% c("age"))]
#Total Population
table1 <- CreateTableOne(vars = listVars, data = res, factorVars = catVars, strata = "diagnosis")
table1
summary(table1)
Table 1 (diagnosisでグループ分けしたもの)
continuous variablesのサマリー
categorical variablesのサマリー
p値
csvで保存する
tabMat <- print(table1) write.csv(tabMat, file = "myTable.csv")
