Yoshi Nishikawa Blog

医学となにかのインタラクティブ

2019-01-01から1年間の記事一覧

レセプトデータから医療の実態に迫る

レセプト レセプト - Wikipedia は、医療報酬の明細書です。 まさにレシート、のことですね。 診療報酬の請求のためにつける病名があり、 実態を反映していないとの意見もありますが、 診療行為や病名と組み合わせて使えば、 診療実態を明らかにすることが可…

ベイズ統計分析によるデータモデリング入門 [ベイズ統計入門の決定版]

COI開示:特になし。 統計分析の教科書、データ分析の技術書、どんどん充実してきています。 でも、ベイズ統計モデリングを使いこなせていたでしょうか? 私の答えはNoでした。理由は、StanやBUGSといったベイズモデリングのためのコードを扱うハードルがあ…

Rで表記ゆれを癒やす:全角から半角へ

日本語データを扱うときに困ること 日本語データを分析するときにもっとも困ることは何でしょうか? それは、表記ゆれです。 送り仮名、漢字かな混じり、全角半角混じり、大文字小文字混じり・・・色々ありますが、 今回は、特に、全角と半角が混ざった表記…

Rで可視化する:可視化の方法とは

手持ちのデータを可視化する データの特徴を示すためには、グラフや図にすることが重要である。 いくつも可視化があるのだが、実際にそれぞれのグラフを作成するには、 データの性質を知る 可視化を実装する (実装の仕方を調べるために可視化の名称を知る) …

ワードに貼り付けた表の収まりがつかない

論文の表を、ワードに貼り付けて提出したい。医学論文ではよくあるシチュエーションです。 しかし、エクセルで作成した表は、横長の表になってしまって、ワードからはみ出て操作できない、そんな経験はありませんか? それ、自動サイズ調整で、解決できます…

Rでcsvファイルを出力する

Rでcsvファイルに出力したい。 write.csv(hoge, file = "test.csv") エクセルで開くことが出来るように、文字コードを指定する。 Microsoftコードページ932 - Wikipedia write.csv(hoge, file = "test.csv", fileEncoding = "CP932")

Rの出力結果欄の表示幅を変えたい

tableoneを用いて、2群比較の結果をRで出力したのに、上段に1群、下段に1群の並びになってしまう。 これは、出力欄の表示列数が原因。 options(max.print="99999",width="300") #widthは出力結果欄の表示列数 これで解決。 2群比較は左右に並びます。

試料・情報の提供に関する記録の 作成・保管等について

情報の授受関係を記録するときの方法について、よくまとまった資料がありましたので覚書に残しておきます。 試料・情報の提供に関する記録の 作成・保管等について(文部科学省 厚生労働省 経済産業省)

Bipartite Graph 2部グラフを描く

2部グラフを作成するため、type情報のTRUE/ FALSEを入力したい。 igraphのbipartite mappingを使うと良い。 g <- graph_from_data_frame(data, directed=TRUE) E(g)$weight <- data$N #重みづけ V(g)$type <- bipartite.mapping(g)$type #type情報を入れる

igraphを使って、データフレームから隣接行列を得る

column1=起点のnode、clumn2=終点のnode、column3=重み、のようなデータフレームがあって、隣接行列を得た。 まず、igraphデータに変換する。 g <- graph_from_data_frame(data, directed=TRUE) E(g)$weight <- data$data[,3] #重み 以下で隣接行列を取り出…

スライド内での引用方法について

researchguides.library.brocku.ca