5-FUによる高アンモニア血症の5-FU代謝物血中濃度分析論文についての解説記事 わたしたちのチームの研究で、5-FUによる高アンモニア血症を来した時にフルオロ・ベータ・アラニン(FBAL)とモノフルオロ酢酸(FMA)という異化産物の血中濃度が上昇していることが…

JMP JMPという統計ソフトを用いて学んだ。 www.jmp.com SAS社が開発したソフトウェア。 Forest plot 以下のページでforest plotというアドインを以下で取得。Rでいうpackageですね。 community.jmp.com 同ページ内においてあったRosaMeta.jmpで作成 同ページ…

ざっと読んだ。 PART1 1. An Epidemiologic Framework for the Delivery of Health Care Services 2. Measurement Issues in the Use of Epidemiologic Data 3. Descriptive Epidemiological Methods 4. Epidemiological Study Designs for Evaluating Healt…

文献検索には型がある ネット上で色々と教材が有るので、貼り付けておきます。 音羽病院廣江先生 20170424_PubMedの使い方@洛和会音羽病院 東京大学図書館 http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf 慶應大学図書館 http://www.med.lib.keio.…

チートシート R Studioのウェブサイトにまとまっており、 www.rstudio.com 以下のように様々なチートシートがある。 Data Wrangling with dplyr and tidyr Cheat Sheet Data Visualization with ggplot2 Cheat Sheet これは便利だ。

Network Meta-Analysis (NMA) 従来のメタアナリシスの課題 従来のメタアナリシスでは、２つの治療についての比較しか得られない。例えばうつ病に対する薬剤には多くの種類があり、有効性・安全性・薬価は様々である。 そこで、利用可能なすべての薬剤につい…

シェープファイル(Shapefile)とは シェープファイル（Shapefile）とは、Esri 社の提唱したベクトル形式の業界標準フォーマットです。Esri 製品はもちろん、多くの GIS ソフトウェアで利用が可能です。シェープファイルは仕様が公開されています。シェープフ…

UGT1A1*28*28と肺癌リスクについての解説記事 最新の研究で、UGT1A1*28*28と肺癌の罹患との関係が明らかになりました。この研究は2016年11月10日のInternational Journal of Clinical Oncology誌（オンライン版）に掲載されました。本稿は、今年読んだ一番好…

r4ds.had.co.nz データサイエンスとか、ビッグデータとか言った文言が流行っていますが、この際の作業の殆ど前処理です。 データサイエンティストの80%はマエショリストで出来ていると言っても過言ではありません。 世界でマエショリストを夢見るみんなへの…

プロトコル 研究プロトコルを作成するときに、目次を連動させたい。 プロトコルをワードで作成している。 TexではなくWord support.office.com 目次の作成（テキストの追加） | 初心者のためのOffice講座 基本は、それぞれの項目タイトル「見出し」に設定し…

質的研究について Qualitative Research 質的研究の方法について、学んでみた。 数値で見るのが量的研究。 そうやって割り切れないものを見るのが質的研究。 調査する事象がどのように生起したか (how) を数値を使って説明する量的研究 (定量調査) とは異な…

SIRとSMR ある集団と、基準集団との疾病罹患・死亡の比較の指標について勉強してみた。 標準化罹患比 (SIR, Standardized Incidence Ratio) 人口構成の違いを除去して罹患率を比較するための指標。ある集団の罹患率が、基準となる集団と比べてどのくらい高い…

岩波データサイエンス vol.4 読んでみた。 今回のテーマは、地理空間情報処理。再入門するには、基礎のところが良かった。あとは、個人情報保護の問題点まで、触れられていてよかった。雰囲気をつかむには良いと思われる。顧客データ等々の専門外のところは…

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は9章「散らばり」について。 「平均的な人間は１つの乳房と１つの精巣を備える。」 ーーーー統計学者 Des McHale 巻頭言から吹き出した。最高である。そして、「平均的な」議論だけ…

論文執筆のためのガイドライン The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 CARE ご多分に漏れず、症例報告にもCARE というガイドラインがある。 内容を…

お盆のお供にRStan お盆ですね。京都では、有名な五山の送り火があります。 とは言っても、病院に休みはありません。むしろ私は"休日当番"として働いています。その傍ら、「はじめての統計データ分析 ベイズ的<ポストp値時代>の統計学」を読み解いています。…

R の基本 University of California Santa BarbaraのサイトにR: A self learn tutorial が置いてあったので、これを活用しながら、基礎的な計算をRに「お願い」してみます。 Rはフリーソフトですが、慣れるという意味での時間的コストがかかります。本稿は、…

尺度開発 尺度開発の手順 測定概念の決定 construct validity 項目作成content validity パイロット調査→微調整 本調査 各項目の基礎統計量確認 因子分析 factorial validity 信頼性係数の推定 criterion-related validity R Scree Plot psychというpackage…

症例報告とEBM EBM(Evidence Based Medicine)が浸透したいまだからこそ、症例報告を記すことが重要だと感じている。 EBM エビデンスレベルの1例として下記が挙げられる。[1] I システマティック・レビュー／RCTのメタアナリシス II １つ以上のランダム化比較…

ゲノム解析論文では頻出のheatmap（ヒートマップ）をRを用いて作ってみた。各種パッケージがあるようなので、色の設定とあわせて記しておく。 heatmapを使ってみる n1<-6 n2<-20 x<-matrix(rnorm(n1*n2),ncol=n1) x[sample(1:length(x),20)]<-10 heatmap(x) …