元データから読み込む際に、高頻度で出現する（していた）R上のエラー。対応策を備忘録として残しておく。 読み込みたいcsvを「UTF-8」形式にしておく。 私はmiというエディタを用いている。 “as.is=T"を入れる 文字列、数値が混在していてもOK。もし、数値…

ggplot2 2016年に出版されたggplot2に関するHadley Wickhamによる著書。その名もggplot2、の続き。この本、最後まで読み解いて分かるが、本当におすすめ。データを扱うすべての人が読んだら良いと思う。 コンテンツ 大きく分けて3部で構成され、全12章にわか…

はじめての統計データ分析 「はじめての統計データ分析」 に関して覚書。 1章の記事はこちら。 2章のハイライト 1) MCMC(Markov chain Monte Carlo method)により事後分布のデータを用い、 2) MCMCには、Metropolis-Hasting method, Gibbs sampling methods,…

ggplot2でsurvival analysisのプロットをしたいときは、 GGally パッケージに含まれる、ggsurv関数がある。 https://cran.r-project.org/web/packages/GGally/GGally.pdf 自分でggsurv関数を入れ込みたい場合は以下を参照。 www.r-statistics.com 上記から転…

ggraph/README.md at master · thomasp85/ggraph · GitHub ggplot2 extensions: ggraph ggplotのextensionはこんなところにも。

相関 2変数とも連続データで，正規分布に従っているならばPearsonの相関係数を用いることができる。 少なくとも1変数が非連続データの時にはノンパラメトリック検定のSpearmanやKendallの相関係数を用いる。これらは、実データでなく、順位付け（大小関係）…

チートシート R Studioのウェブサイトにまとまっており、 www.rstudio.com 以下のように様々なチートシートがある。 Data Wrangling with dplyr and tidyr Cheat Sheet Data Visualization with ggplot2 Cheat Sheet これは便利だ。

Network Meta-Analysis (NMA) 従来のメタアナリシスの課題 従来のメタアナリシスでは、２つの治療についての比較しか得られない。例えばうつ病に対する薬剤には多くの種類があり、有効性・安全性・薬価は様々である。 そこで、利用可能なすべての薬剤につい…

ggplotを手軽に ggplotのコードが覚えられない、忘れる。 何故かエラーになる、そんなことはありませんか？ ggplotを手軽に行うための関数があります。 その名も、qplot(quickplot) qplot qplot. ggplot2 2.1.0 ここを参考に色々な事ができる。 plot関数に近…

The glmmADMB package このパッケージを用いて、以下でinstallする。 install.packages("R2admb") install.packages("glmmADMB", repos=c("http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/repos", getOption("repos")), type="source") これでzero inflationなどの…

髄膜炎に関する論文 Seasonal dynamics of bacterial meningitis: a time-series analysis. The Lancet Global Health http://dx.doi.org/10.1016/S2214-109X(16)30064-X 以前読んだ論文。前回はWaveletについて述べた。今日は、角度統計(circular statistic…

統計学 Statistics 統計学の学習(Learning statistics) Basics of Statistics (Jarkko Isotalo) 統計解析結果のレポーティング(Reporting statistical results) JJCO誌のガイドラインは1997年と古い物だが、有用。 日本語：福田治彦、大橋靖雄「Japanese Jou…

r4ds.had.co.nz データサイエンスとか、ビッグデータとか言った文言が流行っていますが、この際の作業の殆ど前処理です。 データサイエンティストの80%はマエショリストで出来ていると言っても過言ではありません。 世界でマエショリストを夢見るみんなへの…

WaveletComp 以前読んだ論文を参考に、WaveletCompを使ってみた。 気象データ www.data.jma.go.jp ここからA村のデータをとってくる。 A村のデータ 5年間の気温、降水量、風速のデータを取得。以下で実装。 library(WaveletComp) w.temp <- analyze.wavelet(…

髄膜炎に関する論文 Seasonal dynamics of bacterial meningitis: a time-series analysis. The Lancet Global Health http://dx.doi.org/10.1016/S2214-109X(16)30064-X 読んだ。 米プリンストン大学の研究者らからの報告。 髄膜炎の発症には、季節性があっ…

岩波データサイエンス vol.4 読んでみた。 今回のテーマは、地理空間情報処理。再入門するには、基礎のところが良かった。あとは、個人情報保護の問題点まで、触れられていてよかった。雰囲気をつかむには良いと思われる。顧客データ等々の専門外のところは…

ggplot 美麗グラフが気に入っているのだが、そのままでは、左右で異なる軸を提示したいときにうまくいかない。 Rで解析：ggplot2の利便性が向上「plotflow」パッケージを参考にしたら、"plotflow"というパッケージを用いて二軸表示出来るようになった。 デー…

データクリーニング データから、知識を入れて、情報を作る際には、以下のようなプロセスがある(と認識している)。 1データ収集→2データクリーニング→3解析・モデリング このプロセスにより、生データ→クリーニングされたデータ→解析用データ→結果、となる。…

ggplot2 2016年に出版されたggplot2に関するHadley Wickhamによる著書。その名もggplot2、の続き。 コンテンツ 大きく分けて3部で構成され、全12章にわかれている。今回は第2回。 Part2 文法 4 文法 文法が大切である。 5 レイヤー データ、aes、stat、geom…

ggplot2 2016年に出版されたggplot2に関するHadley Wickhamによる著書。その名もggplot2。読んでみた。 コンテンツ 大きく分けて3部で構成され、全12章にわかれている。 Part1 はじめる 1 イントロダクション 自身のGitHubなどが紹介されている。 いつもどお…

モンテカルロ積分 Monte Carlo integrationは、random samplingに基づく統計手法である。 いつも通り公開コードを少しずつ改変しながら進める。 \begin{eqnarray} \theta = \int_m^{M} {e}^{-x}dx \end{eqnarray} n <- 10000 m<-3 ; M<-6 x <- runif(n, min=…

EZRを卒業する EZRが、初学者にとても有用なツールであることは記した。 そして、多くのEZRユーザーは、起動時にEZRが起動するよう設定する。しかし、Rも十分に使えるようになってくると、逆にR起動時に、R コマンダー、EZRが開かれてしまうのは、何かと不便…

Rによる計算機統計学 Rによる計算機統計学を読んでいる。 英語の原書はこちら。 多変量の見せ方 の続き。lattice packageを用いて、3D scatterplotを作る。irisデータを用いる。 公開されているコードから少し改変してトライ。 3D scatterplot library(latti…

Rによる計算機統計学 Rによる計算機統計学を読んでいる。 英語の原書はこちら。 Rコードの例：R code examples 多変量の見せ方 データを分析するにあたり、統計手法は勿論大切なのだが、モデルを作るとき等の変数選択には、大きく分けて2通りのアプローチが…

Rによる計算機統計学 Rによる計算機統計学を読み始めた。 英語の原書はこちら。 Rコードの例：R code examples この本の特徴は、文献を豊富に引用しており、学習に拡がりをもたせることが出来る。 ただ、Rを最低限扱える人でないと厳しいと思う。 逆変換 乱…

Hadley Wickhamアニキ 各所でR神と崇められているHadley Wickham(ハドリーウィッカム)アニキの存在を、つい最近知った。 そのきっかけは、使っているpackageが気づいたらHadley Wickhamアニキのものばかりだった。しかもdplyr, ggplot2など、欠かせないもの…

Rを愛している Rは、フリーソフトで、可能な計算は多岐にわたる。 他の統計ソフトも用いてみたが、 1. パッケージの多様性 2. 関連書物・文献の増加 3. 無料であること という絶大なメリットが有る。 逆に、唯一デメリットといえるのが、コードの習得だ。私…

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は 12章, 14章について。 CI of the mean (平均値のCI) (Latexを使って以下、書いてみた。) 平均値のCIは、4つの値、サンプル平均、標準偏差、サンプルサイズ、信頼度により計算され…

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は 10章「ガウス分布」について。 この名前、恥ずかしながら初めて知ったが、いわゆる正規分布のことらしい。 Key words Gaussian distribution; norm distribution: KarL Gaussが180…

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は9章「散らばり」について。 「平均的な人間は１つの乳房と１つの精巣を備える。」 ーーーー統計学者 Des McHale 巻頭言から吹き出した。最高である。そして、「平均的な」議論だけ…