ベイズ的~を読みこなすために、ソースファイル内の関数を呼び出す必要があった。そのために、source()について学んだので覚書をしておく。 macユーザーなので、まず、UTF-8に変更し、文字化けを防ぎ、 setwd("~/Rstan") #ワーキングディレクトリを設定 sourc…

Rでplotするときに、□□□、などとなって日本語フォントが表示されない場合には、par()への設定をすれば解消する。 par(family="HiraKakuProN-W3") # ヒラギノ角ゴシックProN W3 par(family="HiraginoSans-W3") # ヒラギノ角ゴシック W3 par(family="HiraMaruP…

ベイズ的~の実装を試みても、 構文解析中に不正なマルチバイト文字列がありました (1 行) と表示されて全然Rファイルが文字化けして読み込めないので、文字コードをmac対応のUTF-8に変換してみました。 terminalでnkfコマンドを使うと、簡単に出来ます。 $ b…

論文執筆のためのガイドライン The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 CARE ご多分に漏れず、症例報告にもCARE というガイドラインがある。 内容を…

お盆のお供にRStan お盆ですね。京都では、有名な五山の送り火があります。 とは言っても、病院に休みはありません。むしろ私は"休日当番"として働いています。その傍ら、「はじめての統計データ分析 ベイズ的<ポストp値時代>の統計学」を読み解いています。…

R の基本 University of California Santa BarbaraのサイトにR: A self learn tutorial が置いてあったので、これを活用しながら、基礎的な計算をRに「お願い」してみます。 Rはフリーソフトですが、慣れるという意味での時間的コストがかかります。本稿は、…

尺度開発 尺度開発の手順 測定概念の決定 construct validity 項目作成content validity パイロット調査→微調整 本調査 各項目の基礎統計量確認 因子分析 factorial validity 信頼性係数の推定 criterion-related validity R Scree Plot psychというpackage…

症例報告とEBM EBM(Evidence Based Medicine)が浸透したいまだからこそ、症例報告を記すことが重要だと感じている。 EBM エビデンスレベルの1例として下記が挙げられる。[1] I システマティック・レビュー／RCTのメタアナリシス II １つ以上のランダム化比較…

Mapping ArcGIS for Desktop (Esri Japan) を用いて福島県の2016年2月発表時の空間線量をマッピングしてみた。所属部局で分担して権利を購入している。 Comments 色々グラフィック的なものを入れやすく、レジェンドも綺麗に作れたので満足。 （よく見ると猪…

Quaternion Qaternionとは ・複素数を拡張した数体系である。 ・集合としては、四元数の全体 H は実数体上四次元の数ベクトル空間 R4 に等しい。 ・四元数は純粋数学のみならず応用数学、特に3Dグラフィクスやコンピュータビジョンにおいて三次元での回転の…

ゲノム解析論文では頻出のheatmap（ヒートマップ）をRを用いて作ってみた。各種パッケージがあるようなので、色の設定とあわせて記しておく。 heatmapを使ってみる n1<-6 n2<-20 x<-matrix(rnorm(n1*n2),ncol=n1) x[sample(1:length(x),20)]<-10 heatmap(x) …

私は内科医で、消化器内視鏡（胃カメラ・大腸カメラ）を専門にしています。 ひとりの医療者として診療するなかで、調査に関わったり、論文執筆もおこなったりしてきました。 最近は、事例研究法を研究対象としています。 iPS細胞などに代表される基礎研究は…