2017-05-13

tableone パッケージでtable1をつくる

R R package 研究

臨床研究のtable1は

臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1

八割がたこういう患者背景だ。
（リンク先が「図」表記になっているッ・・・！）
これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・

tableone

table1 = 表１だ。早速つかってみる。UCIのopen data "fertility"を用いる。

library(tableone)
res<-read.csv("http://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/00244/fertility_Diagnosis.txt", na.strings = "NA", as.is=T, header = F)
colnames(res) <- c("season", "age", "childish_diseases", "trauma", "surgery", "fever", "alcohol", "smoking", "sitting", "diagnosis")

#Create a variable list which we want in Table 1
listVars <- colnames(res)[-c(1)]

#Define categorical variables
catVars <- listVars[-which(listVars %in% c("age"))]

#Total Population
table1 <- CreateTableOne(vars = listVars, data = res, factorVars = catVars, strata = "diagnosis")
table1
summary(table1)

Table 1 (diagnosisでグループ分けしたもの)

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155621p:plain

continuous variablesのサマリー

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155631p:plain

categorical variablesのサマリー

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155638p:plain

p値

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155642p:plain

csvで保存する

tabMat <- print(table1)
write.csv(tabMat, file = "myTable.csv")

RPubs - tableone: 医学研究で必要な"表1"を作成するRパッケージ

Introduction to tableone

2017-05-13

AGREEII~ガイドライン評価のためのガイドライン

臨床疫学研究医学 EBM

equator network

The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。

AGREEII

ガイドライン評価にもAGREEII (Appraisal of Guidelines for Research＆Evaluation II)というガイドラインが存在する。
AGREEIIの目的は以下だ。

1.ガイドラインの質を評価する
2.ガイドライン作成のための方法論的戦略を示す
3.ガイドライン上にどのような情報がどのように提供されるべきかを示す

The AGREE Reporting Checklist: a tool to improve reporting of clinical practice guidelines | The BMJ

AGREE II - AGREE Enterprise website

AGREEII 日本語訳

2017-05-13

公共財はどのあたりが公共なのか

Public Policy

公共財という言葉がある。

公共財 - Wikipedia

経済学の用語であり、非競合性あるいは非排除性の少なくとも一方を有する財として定義される。対語として、競合性と排除性とを有する私的財がある。

経済学において、ものごとの公共性については、「競合性」と「排除性」の二軸で考える。

競合性とは、利用者の消費が増えるにつれ、追加費用なしでは、次第に財の便益が保たれなくなる性質をいう。
ある一定数までであれば、利用者全員が問題なく便益を受けられるが、利用者が増えるに従って、混雑する。よって競合性が高い。

排除性とは、対価を支払わず財を消費しようとする者に対し排除的な性質を指す。

しかし、この中には中間領域が有る。公園か遊園地か。一般道路か有料道路か。などだ。

この流れで、「非排除性」があるサービスについて、費用を支払わないで便益を享受する者をフリーライダーと呼ぶ。

フリーライダー - Wikipedia

話を戻そう。

「今、僕は、とある山間部で仕事をしている。

朝、部屋で起きて、ご飯を食べて、コーヒーで一息入れる。

車にのり、道路を通って職場へと出かける。

或いは、公園の前を自転車で通って行っても良いかもしれない。

山の空気は澄んでいて、美味しい。」

あらゆるものを利用して生活しているが、この世のものは一体何が公共で公共でないのかを考えてみた。

朝起きる部屋、ごはん、コーヒー、車、これは、排除性も競合性も有する。私的財だ。
道路、これは、排除性はないが（通行料はいらない）、競合性がある（たくさん通ると混雑する）。公園も同じだ。コモンプール財という。
一方、先に出てきた、遊園地や高速道路、これらは、排除性を有する（お金がいる）。競合性は、場所によりそうだが、混んでいない、田舎の遊園地や高速道路をイメージするならば、競合性はないと言える。これをクラブ財という。
最後に、空気。これは、現時点では、際限なく誰でも吸うことが出来る。無償でだ。通常の状況では、100人居ようが1000人居ようが困ることはない。これを公共財と呼ぶ。

4に該当するものを純粋公共財とよび、非排除性または非競合性どちらかのみを持つ2 or 3を準公共財と呼ぶ。