Yoshi Nishikawa Blog

医学・防災・疫学・統計学 など

Community detection ~コミュニティを検出する~

コミュニティ検出

ネットワーク上で、コミュニティの検出をしたい

大きくわけて以下がある。

Null model

  • Modularityを最大化

モジュラリティ - Wikipedia

しかし、resolution limitという問題がある。

Resolution limit in community detection

そのため、nが大きい場合には、以下を用いると良い。

Flow based model

  • Mapequationを最小化

MapEquation

大きいネットワークにも対応できる。

参考資料

http://networksciencebook.com/chapter/9

R+igraph - Kazuhiro Takemoto

グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(4):コミュニティ検出(クラスタリング) - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ

Network Science をまなぶ

Network Science

networksciencebook.com

この本を読みながら勉強していきます!

参考資料

R+igraph - Kazuhiro Takemoto

グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(1):グラフ可視化・描画手法 - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ

グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(2):最短経路長など - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ

グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(3):中心性(PageRank, betweeness, closeness, etc.) - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ

グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(4):コミュニティ検出(クラスタリング) - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ

グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(5):何となくNIPS2015の共著者グラフを描いてみた - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ

Microsoft Word (ワード) で校正結果と突合する〜変更内容の組み込み〜

以前のヴァージョンの原稿からの変更点を知りたい

しかし、すべて書き換えられている、こんなことありませんか?

私は、英文校正を提出して、変更点をpdfでもらう。

しかし、肝心のMicrosoft Wordファイル(docファイルやdocxファイル)には、変更点の記載はない。

こんなときに、地道に見比べて写す作業を繰り返していました。。。

実は、一発で済ませる方法があるのです。

変更内容の組み込み

ツール→変更内容の組み込み

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変更内容を組み込む

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これで一発です!!

Microsoft Word (ワード) で小数点を変更する

Microsoft Word (ワード) で小数点を書き換えたい

小数点の記載を
「.」(半角ピリオド)から「・」(半角中点)
に変更したい。

文末のピリオドではなくて、小数点のピリオドだけを変更したい。

そんなときの話。

置換する

編集→検索→置換 を選択

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高度な検索と置換 を選択

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置換の方法

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ワイルドカードを使用する

support.office.com

ワイルドカードを使用することで、0-9などの数字の範囲の指示が通るようになる。

小数点を検索する

検索する文字列は以下でOK

([0-9]).([0-9])

0-9の数字、半角ピリオド、0-9の数字

の並びを検索する

小数点のピリオドを中点に置換する

置換する文字列は以下

\1・\2

()で括った1つめの塊=1の位、半角中点、()で括った2つめの塊=少数第1位

これで、小数点の置き換えが出来ます!!

火山爆発指数 VEI (Volcano Explosivity Index)

VEI 8について

  • 1982年にNewhall & Selfにより、提案された火山の区分。
  • 0-8まであり、VEI (Volcano Explosivity Index)と呼ばれる。
  • 区分は、噴出物の量Ejecta volumeによってなされる。

火山爆発指数 - Wikipedia

気象庁|有史以降の火山活動について

逆に「肩書」を気にする〜当該地域の関係者でないのでは?と指摘された話

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今日は研究発表における反省例を。

私は、京都と福島で診療をしています。
地域で色々と活動していると、
「組織」としてよりは、「個人」としての活動が増え、
肩書も増えてきます。

私は、東日本大震災被災地の地域医療の研究を行っているのですが、
とある研究論文を提出していた際に、査読者から以下のような返事が来ました。

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[意訳] 重要な報告でした(中略). しかし、日本の有名大学である京都大学に所属する医師からの報告で、自分本意な意見が内容に盛り込まれていました. (以下略).

非常に厳しいご指摘です・・・

当然、私も直接携わってる上、現地の方々との共同研究だったのですが、

連絡著者が京都だったことに違和感を覚えられたようでした。

これに対して誠実に返答し、後日、無事に受理されました!!(ありがとうございます。)

査読者からすると、福島のことを京都の人間が述べていると、あまりに離散的だったのでしょう。

解釈の妥当性を問われた形です。

良い査読者でした。

色々と活動していると、

実務上は「所属」は、あまり関係なくなってくるのですが、

対外的には「立て付け」を気にした方が良いです。

最近は、「内(内容)と外(発信元の肩書)との連続性」を意識しています。

このあたりは、チームビルディングでも重要です。

【geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした 】と言われ続ける運命に抗う

RでGISデータ解析を進めたくて、

ggplot2でsfデータを扱える、

geom_sf()関数を用いたい・・・

しかし、何度やっても

geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした

というエラー表示が出てしまう・・・

というので悶々としていたのですが、

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")
require(ggplot2)

これで解決しました。

CRANのverには搭載されていなくて、開発段階のものに入っているということですね。

*嬉しくて、試しに某県を描いてみました。

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