Yoshi Nishikawa's Blog

データと知識、その調和平均。

R markdownのknitr::opts_chunk設定をどうしているか。

忘備録的に。 私は、基本はこのスタイルで、

  1. figureの縦横比が一致するようにしている。
  2. tidyverseが静かに発動するようにしている。
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, out.width = 480, out.height = 480, fig.width = 7,fig.height = 7)
library(tidyverse, quietly = T)

他にも、何か良いsetupあれば教えてください!

レターを投稿する

レターとは

いわゆるレターとは、簡単に言うと、読者の投稿欄へのお手紙です。論文を読んで浮かんだ疑問点について著者へ問い合わせ、議論します。 critical appraisal (批判的吟味)の力を養うことが出来ます。

たかがレター、とも言われますが、されどレターです。
論文を読んで、もし疑問点が生まれたら、投稿してみるのも良いでしょう。

主な医学誌のレターの投稿について、以下に纏めてみます。

医学4大誌

NEJM, JAMA, Lancet, BMJが4大誌とされていますが、それぞれ、レターの投稿を受け付けています。 投稿規定は以下のようになっています。

NEJM

Letter to the editorの投稿について(英語)

Letters in reference to a Journal article must not exceed 175 words (excluding references), and must be received within three weeks after publication of the article. Articles are available for selection on the submission site on the print publication date each Thursday and remain for three weeks. If you are responding to an Online First article that does not have a print publication date, the article will be listed under “Online Articles.” Letters not related to a Journal article must not exceed 400 words (excluding references). A letter can have no more than five references and one figure or table. A letter can be signed by no more than three authors.

JAMA

Letter to the editorの投稿について(英語)

Letter to the Editor Letters discussing a recent article in this journal should be submitted within 4 weeks of the article’s publication in print.3 Letters received after 4 weeks will rarely be considered. Letters should not exceed 400 words of text and 5 references, 1 of which should be to the recent article. Letters may have no more than 3 authors. The text should include the full name, academic degrees, and a single institutional affiliation for each author and the email address for the corresponding author. Letters must not duplicate other material published or submitted for publication and should not include unpublished data. Letters not meeting these specifications are generally not considered. Letters being considered for publication ordinarily will be sent to the authors of the original article, who will be given the opportunity to reply. Letters will be published at the discretion of the editors and are subject to abridgement and editing for style and content.

Lancet

Correspondenceの投稿について(英語)

Correspondence
• We welcome correspondence on content published in The Lancet or on other topics of interest to our readers
• Letters for publication in the print journal must reach us within 2 weeks of publication of the original item and should be no longer than 250 words
• Letters of general interest, unlinked to items published in the journal, can be up to 400 words long
• Correspondence letters are not usually peer reviewed (we rarely publish original research or Case Reports in this section), but the journal might invite replies from the authors of the original publication, or pass on letters to these authors
• Only one table or figure is permitted, and there should be no more than five references and five authors
• All accepted letters are edited, and proofs will be sent out to authors before publication
• Some letters might be chosen for online-only publication

BMJ

Responding to articles (rapid responses, letters)(英語)

We won’t publish responses that we consider inappropriate. We won’t publish responses that are likely to end us up in legal difficulties or that are obscene, libellous (or would require us spending time or money to establish that they aren’t), or in some other way illegal—for example, inciting racial hatred, contempt of court, breach of intellectual property rights. We won’t publish responses that are over 1000 words long (excluding references), incomprehensible, insubstantial, written in capital letters, not written in English, almost entirely a quote from somewhere else, gratuitously rude, or blatant advertising. We also won’t publish responses that give information on patients without their written consent, are sent by someone who does not provide adequate and accurate personal details, including a functioning email address, or are from people we suspect have used an alias or who do not respond to email. However, it is for us to decide whether we believe it appropriate to post a given response.

こうした一流誌の採択率は10%とも言われています。

レターの例

どのようなものが発表されているか見ることは勉強になります。

どの雑誌にも、advanced searchがあり、キーワード+発表形態(+雑誌名)で絞ることが出来ます。

Pubmedなどの検索に関してはこちらを見てください。

NEJM

colorectal cancer chemotherapy, 過去十年, other (発表形態)での検索例

JAMA

ここはadvanced searchではなく、検索したものに、左のチェックボックスにチェックする形であった。

colorectal cancer chemotherapy, JAMA, Letterでの検索例

Lancet

colorectal cancer chemotherapy, The Lancet, correspondenceでの検索例

BMJ

colorectal cancer chemotherapy(title またはabstract), letterでの検索例

参考文献

Correspondence Course: Tips for Getting a Letter Published in JAMA | Critical Care Medicine | JAMA | The JAMA Network

Adequacy of authors’ replies to criticism raised in electronic letters to the editor: cohort study | The BMJ

参考書籍

批判的吟味をするためには、以下の本がおすすめです。
Users' Guides to the Medical Literature: A Manual for Evidence-Based Clinical Practice

kindle版 Users' Guides to the Medical Literature: A Manual for Evidence-Based Clinical Practice

これならわかる応用数学教室

読んだ。非常にわかりやすく記されていておすすめ。

  1. 最小二乗法
  2. 直行関数展開
  3. フーリエ解析
  4. 離散フーリエ解析
  5. 固有値問題と2次形式
  6. 主軸変換とその応用
  7. ウェーブレット解析

とにかく統計や計算機科学に関わる、(かつ、理解したい)人は、全員読んでおくと良いと思います。

tableone パッケージでtable1をつくる

臨床研究のtable1は

臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1

http://medical.nikkeibp.co.jp/all/special/ebm/topics/200908/images/thumb_511983_0812-11.jpg

八割がたこういう患者背景だ。
(リンク先が「図」表記になっているッ・・・!)
これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・

tableone

table1 = 表1だ。 早速つかってみる。UCIのopen data “fertility"を用いる。

library(tableone)
res<-read.csv("http://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/00244/fertility_Diagnosis.txt", na.strings = "NA", as.is=T, header = F)
colnames(res) <- c("season", "age", "childish_diseases", "trauma", "surgery", "fever", "alcohol", "smoking", "sitting", "diagnosis")

#Create a variable list which we want in Table 1
listVars <- colnames(res)[-c(1)]

#Define categorical variables
catVars <- listVars[-which(listVars %in% c("age"))]

#Total Population
table1 <- CreateTableOne(vars = listVars, data = res, factorVars = catVars, strata = "diagnosis")
table1
summary(table1)

Table 1 (diagnosisでグループ分けしたもの)

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155621p:plain

continuous variablesのサマリー

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155631p:plain

categorical variablesのサマリー

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155638p:plain

p値

f:id:yoshi_nishikawa:20170513155642p:plain

AGREEII~ガイドライン評価のためのガイドライン

equator network

The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。

AGREEII

ガイドライン評価にもAGREEII (Appraisal of Guidelines for Research&Evaluation II)というガイドラインが存在する。
AGREEIIの目的は以下だ。

1.ガイドラインの質を評価する
2.ガイドライン作成のための方法論的戦略を示す
3.ガイドライン上にどのような情報がどのように提供されるべきかを示す

The AGREE Reporting Checklist: a tool to improve reporting of clinical practice guidelines | The BMJ

AGREE II - AGREE Enterprise website

AGREEII 日本語訳

公共財はどのあたりが公共なのか

「今、僕は、とある山間部で仕事をしている。

朝、部屋で起きて、ご飯を食べて、コーヒーで一息入れる。

車にのり、道路を通って職場へと出かける。

或いは、公園の前を自転車で通って行っても良いかもしれない。

山の空気は澄んでいて、美味しい。」

あらゆるものを利用して生活しているが、この世のものは一体何が公共で公共でないのかを考えてみた。

公共財という言葉がある。

公共財 - Wikipedia

経済学の用語であり、非競合性あるいは非排除性の少なくとも一方を有する財として定義される。対語として、競合性と排除性とを有する私的財がある。

経済学において、ものごとの公共性については、「競合性」と「排除性」の二軸で考える。

競合性とは、利用者の消費が増えるにつれ、追加費用なしでは、次第に財の便益が保たれなくなる性質をいう。
ある一定数までであれば、利用者全員が問題なく便益を受けられるが、利用者が増えるに従って、混雑する。よって競合性が高い。

排除性とは、対価を支払わず財を消費しようとする者に対し排除的な性質を指す。

しかし、この中には中間領域が有る。公園か遊園地か。一般道路か有料道路か。 などだ。

この流れで、「非排除性」があるサービスについて、費用を支払わないで便益を享受する者をフリーライダーと呼ぶ。

フリーライダー - Wikipedia

話を戻そう。

  1. 朝起きる部屋、ごはん、コーヒー、車、これは、排除性も競合性も有する。私的財だ。
  2. 道路、これは、排除性はないが(通行料はいらない)、競合性がある(たくさん通ると混雑する)。公園も同じだ。コモンプール財という。
  3. 一方、先に出てきた、遊園地や高速道路、これらは、排除性を有する(お金がいる)。競合性は、場所によりそうだが、混んでいない、田舎の遊園地や高速道路をイメージするならば、競合性はないと言える。これをクラブ財という。
  4. 最後に、空気。これは、現時点では、際限なく誰でも吸うことが出来る。無償でだ。通常の状況では、100人居ようが1000人居ようが困ることはない。これを公共財と呼ぶ。

4に該当するものを純粋公共財とよび、非排除性または非競合性どちらかのみを持つ2 or 3を公共財と呼ぶ。

ggplot2で平均値の推移をプロットする

http://nfunao.web.fc2.com/files/sgplot_vs_ggplot2.pdf

http://nfunao.web.fc2.com/files/R-ggplot2.pdf

CRAN - Package doBy

このあたりが参考になる。

ちなみに、

package “gplot"には、plotmeansという便利関数がある。