Yoshi Nishikawa Blog

医学となにかのインタラクティブ

igraphを使って、データフレームから隣接行列を得る

column1=起点のnode、clumn2=終点のnode、column3=重み、のようなデータフレームがあって、隣接行列を得た。

まず、igraphデータに変換する。

g <- graph_from_data_frame(data, directed=TRUE)
E(g)$weight <- data$data[,3]  #重み

以下で隣接行列を取り出せる。

g_ad <- get.adjacency(g, sparse=FALSE, attr = "weight")