VEI 8について 1982年にNewhall & Selfにより、提案された火山の区分。 0-8まであり、VEI (Volcano Explosivity Index)と呼ばれる。 区分は、噴出物の量Ejecta volumeによってなされる。 火山爆発指数 - Wikipedia 気象庁｜有史以降の火山活動について

今日は研究発表における反省例を。 私は、京都と福島で診療をしています。 地域で色々と活動していると、 「組織」としてよりは、「個人」としての活動が増え、 肩書も増えてきます。 私は、東日本大震災被災地の地域医療の研究を行っているのですが、 とあ…

RでGISデータ解析を進めたくて、 ggplot2でsfデータを扱える、 geom_sf()関数を用いたい・・・ しかし、何度やっても geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした というエラー表示が出てしまう・・・ というので悶々としていたの…

論文投稿の際に、"New submission"がずっと続いている場合、著者確認がなされていない可能性があります。 通常は"Editor assigned"や"Under review"などに変わります。 ご注意を。

忘備録に。 統計、機械学習関係の教育機関サイト DataSets < Main < Vanderbilt Biostatistics Wiki UCI Machine Learning Repository stats.idre.ucla.edu Centre for Multilevel Modelling | Centre for Multilevel Modelling | University of Bristol Pur…

質的研究におけるCoding Tree library(data.tree) theme <- Node$new("テーマ") category1 <- theme$AddChild("あ") code1 <- category1$AddChild("い") code2 <- category1$AddChild("う") category2 <- theme$AddChild("AA") code3 <- category2$AddChild(…

IRRとは inter-rater reliability の略であり、 日本語では、評価者間信頼性となる。 評価者間信頼性 評価者間信頼性（検者間信頼性）は、2人以上の評価者が同じ対象を評価した場合の一致度です 評価者内信頼性 評価者内信頼性、検査者内信頼性は、同一評価…

Macを使用していて、Pythonがすぐ落ちてしまい、何も出来ない。 anacondaプロンプトで以下を入力 conda update anaconda-navigator アップデートを行い、 anaconda-navigator 無事立ち上がりました。

訳者の方からご恵贈頂いた、 Rプログラミング本格入門 第15章「生産性を高める」 より、とてもためになったので、自分なりに実践したことを記してみます。 動機 RMarkdownで出力したhtmlレポートに、キレイな表を入れたい。 やってみた carsをdata table型で…

今回は、「revise案件を取り下げたという実体験」を、ここにまとめておきます。 論文投稿から掲載までのプロセスは、 執筆→査読→リバイズ→受理 という流れです。 今回、とある雑誌にリバイズ（minor revision）になったにも関わらず、 まったくトンチンカン…

介護の重要性 地域医療に携わって、介護の重要性を再認識する日々です。 先進国における、世界的な少子高齢化トレンドを反映して、 自宅で高齢者のことをみることが困難になっています。 そうして、療養施設などに頼るのですが、 なかなか需要と供給が追いつ…

臨床をおこなっていると、貴重orメッセージ性のある症例にあたることがあります。 方法と結果は日常臨床で行っていることをcase presentationすれば良いし、introductionとdiscussionはしっかりと記載する必要があるので、臨床医の論文執筆の第一歩には最適…

裾の長いカウントデータを扱いたい（外れ値が有る）ときに、負の二項分布を仮定したモデリングを考える。 MASS packageにはいっていたので、覚書として残しておく。 R: Fit a Negative Binomial Generalized Linear Model 以下で実行できる。 library(MASS) …

今日は少し脱線して、仮想通貨情勢をRで調べてみる。 この記事を見ながら、自分で実装してみた。 今回、使うのは3つのパッケージ。 元記事にあったとおり、coinmarketcaprで仮想通貨のデータをとってきて、treemapで可視化。 米ドルではなく日本円で計算して…

質的研究に目覚めた朝。 論文を読んで、package "concord"をインストール！ しようにもCRANの表舞台から削除されている。 そんな時、アーカイブされているpackageをインストールするのが、以下の方法。 *こちらを参考にしました。 # Download package tarbal…

論文執筆の際、p値はどう記載するんですか？ 有効数字は？ 有意差なしはNSだけでよいですか？ 0.05未満は<0.05でよいのですか？ ・・・ このように聞かれたり、議論になったりすることがあるので、纏めておきます。 あくまで、一例ですが、Annals of Interna…

時系列データを扱う時に、変化点を見つけたいことがある。 Rにchangepointというパッケージがあるので、実装してみる。 １つのchangepointはdefaultのmethod = AMOCで良い。 複数のchangepointであれば、methodでPELT, SegNeighやBinSegを指定すれば良い。 #…

Rによる計量経済分析を読んだ。このシリーズはとても勉強になる。 書籍のHPはこちら キーワードと、キーとなるパッケージ・関数を列挙しておく。 時系列データを扱う時の問題点がわかりやすく解説されていて、よかった。 クロスセクションデータの回帰分析 …

Rの基礎とプログラミング技法 Rの基礎とプログラミング技法に、Rを効率よく扱うコツについて非常にわかりやすく載っていたので、トライしてみた。 第5章：効率的なプログラミング apply applyは、 ベクトル単位で処理できる lapplyはリストやデータフレーム…

分散分析 数学いらずの医科統計学で、統計の概念的な理解を深めているのですが、 分散分析の理解については、以下の書籍や、リンクなどを参考に数式含めて再学習しました。 この東京大学出版会シリーズ、赤の統計学入門、緑の人文・社会科学の統計学と並んで…

前回、レターを投稿するで好評いただいたので、clinical pictureに関しても纏めておきます。 ＊2019年10月19日Radiology追記しました。 投稿先あれこれ NEJM Please include a title for your submission. The title should contain no more than eight word…

macでzipをlockする方法について覚書。 terminalでzipcloak ＜zipファイル名＞を入力し、passを入れるだけ。以下を参考にしました。 www.atmarkit.co.jp

忘備録的に。 私は、基本はこのスタイルで、 figureの縦横比が一致するようにしている。 tidyverseが静かに発動するようにしている。 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, out.width = 480, out.height = 480, fig.width = 7,fig.height = 7) library(tidyve…

レターとは いわゆるレターとは、簡単に言うと、読者の投稿欄へのお手紙です。論文を読んで浮かんだ疑問点について著者へ問い合わせ、議論します。 critical appraisal (批判的吟味)の力を養うことが出来ます。 たかがレター、とも言われますが、されどレタ…

読んだ。非常にわかりやすく記されていておすすめ。 最小二乗法 直行関数展開 フーリエ解析 離散フーリエ解析 固有値問題と2次形式 主軸変換とその応用 ウェーブレット解析 とにかく統計や計算機科学に関わる、（かつ、理解したい）人は、全員読んでおくと良…

臨床研究のtable1は 臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1 八割がたこういう患者背景だ。 （リンク先が「図」表記になっているッ・・・！） これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・ tableone table1 = 表１だ。 …

equator network The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 AGREEII ガイドライン評価にもAGREEII (Appraisal of Guidelines for Research＆Evaluation…

公共財という言葉がある。 公共財 - Wikipedia 経済学の用語であり、非競合性あるいは非排除性の少なくとも一方を有する財として定義される。対語として、競合性と排除性とを有する私的財がある。 経済学において、ものごとの公共性については、「競合性」と…

http://nfunao.web.fc2.com/files/sgplot_vs_ggplot2.pdf http://nfunao.web.fc2.com/files/R-ggplot2.pdf CRAN - Package doBy このあたりが参考になる。 ちなみに、 package “gplot"には、plotmeansという便利関数がある。

読んだ。 これ一冊でDeep Lerningの理解は事足りる。とにかくわかりやすく記述されている。 1章 Python入門 1.1 Pythonとは 1.2 Pythonのインストール 1.3 Pythonインタプリタ 1.4 Pythonスクリプトファイル 1.5 NumPy 1.6 Matplotlib 1.7 まとめ 2章 パーセ…