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Yoshi Nishikawa's Blog

データと知識、その調和平均。

数学解くガウス[回文] [10章]

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は 10章「ガウス分布」について。 この名前、恥ずかしながら初めて知ったが、いわゆる正規分布のことらしい。 Key words Gaussian distribution; norm distribution: KarL Gaussが180…

サンプルの散らばりを評価する dispersion [9章]

数学いらずの医科統計学 数学いらずの医科統計学 を読み解いている。 今日は9章「散らばり」について。 「平均的な人間は1つの乳房と1つの精巣を備える。」 ーーーー統計学者 Des McHale 巻頭言から吹き出した。最高である。そして、「平均的な」議論だけ…

ベイズ的<ポストp値時代>の統計学キーワード集

Keywords 「はじめての統計データ分析」 を読み解いています。 キーワードを列挙し、まとめていきます。 1章 2章 EAP (expected a posteriori) MED (posterior median) MAP (maximum a posteriori) 3章 4章 5章 6章

sourceでソースファイルを読み込み関数を呼び出す

ベイズ的~を読みこなすために、ソースファイル内の関数を呼び出す必要があった。そのために、source()について学んだので覚書をしておく。 macユーザーなので、まず、UTF-8に変更し、文字化けを防ぎ、 setwd("~/Rstan") #ワーキングディレクトリを設定 sourc…

日本語フォントをplotに表示させる

Rでplotするときに、□□□、などとなって日本語フォントが表示されない場合には、par()への設定をすれば解消する。 par(family="HiraKakuProN-W3") # ヒラギノ角ゴシックProN W3 par(family="HiraginoSans-W3") # ヒラギノ角ゴシック W3 par(family="HiraMaruP…

文字コードをmac対応のUTF-8に変更する

ベイズ的~の実装を試みても、 構文解析中に不正なマルチバイト文字列がありました (1 行) と表示されて全然Rファイルが文字化けして読み込めないので、文字コードをmac対応のUTF-8に変換してみました。 terminalでnkfコマンドを使うと、簡単に出来ます。 $ b…

地道に症例報告を記す〜CAREというガイドラインは有用か

論文執筆のためのガイドライン The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 CARE ご多分に漏れず、症例報告にもCARE というガイドラインがある。 内容を…

データ整理にまつわるエトセトラ

お盆のお供にRStan お盆ですね。京都では、有名な五山の送り火があります。 とは言っても、病院に休みはありません。むしろ私は"休日当番"として働いています。その傍ら、「はじめての統計データ分析 ベイズ的<ポストp値時代>の統計学」を読み解いています。…

apply(), tapply()でグループデータに対応する

R の基本 University of California Santa BarbaraのサイトにR: A self learn tutorial が置いてあったので、これを活用しながら、基礎的な計算をRに「お願い」してみます。 Rはフリーソフトですが、慣れるという意味での時間的コストがかかります。本稿は、…

psych packageを用いた心理尺度開発・因子分析

尺度開発 尺度開発の手順 測定概念の決定 construct validity 項目作成content validity パイロット調査→微調整 本調査 各項目の基礎統計量確認 因子分析 factorial validity 信頼性係数の推定 criterion-related validity R Scree Plot psychというpackage…

地道に症例報告を記す〜EBM

症例報告とEBM EBM(Evidence Based Medicine)が浸透したいまだからこそ、症例報告を記すことが重要だと感じている。 EBM エビデンスレベルの1例として下記が挙げられる。[1] I システマティック・レビュー/RCTのメタアナリシス II 1つ以上のランダム化比較…

ArcGISで福島の空間線量をmapping

Mapping ArcGIS for Desktop (Esri Japan) を用いて福島県の2016年2月発表時の空間線量をマッピングしてみた。所属部局で分担して権利を購入している。 Comments 色々グラフィック的なものを入れやすく、レジェンドも綺麗に作れたので満足。 (よく見ると猪…

クオータニオンのこと quaternion

Quaternion Qaternionとは ・複素数を拡張した数体系である。 ・集合としては、四元数の全体 H は実数体上四次元の数ベクトル空間 R4 に等しい。 ・四元数は純粋数学のみならず応用数学、特に3Dグラフィクスやコンピュータビジョンにおいて三次元での回転の…

Rでヒートマップをつくる

ゲノム解析論文では頻出のheatmap(ヒートマップ)をRを用いて作ってみた。各種パッケージがあるようなので、色の設定とあわせて記しておく。 heatmapを使ってみる n1<-6 n2<-20 x<-matrix(rnorm(n1*n2),ncol=n1) x[sample(1:length(x),20)]<-10 heatmap(x) …

このブログについて

はじめまして。このブログに訪問いただき、ありがとうございます。 私は、消化器内視鏡(胃カメラ・大腸カメラ)、がん診療を専門とする内科医師です。 地域医療に携わり、そちらでは生活習慣病を含めた内科一般を診ています。 これまで、東京・福島・京都で…