Yoshi Nishikawa's Blog

〜医学・疫学・統計学編〜

逆に「肩書」を気にする〜当該地域の関係者でないのでは?と指摘された話

今日は研究発表における反省例を。 私は、京都と福島で診療をしています。 地域で色々と活動していると、 「組織」としてよりは、「個人」としての活動が増え、 肩書も増えてきます。 私は、東日本大震災被災地の地域医療の研究を行っているのですが、 とあ…

【geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした 】と言われ続ける運命に抗う

RでGISデータ解析を進めたくて、 ggplot2でsfデータを扱える、 geom_sf()関数を用いたい・・・ しかし、何度やっても geom_sf()でエラー: 関数 "geom_sf" を見つけることができませんでした というエラー表示が出てしまう・・・ というので悶々としていたの…

論文投稿注意書き[New submission状態の持続]

論文投稿の際に、"New submission"がずっと続いている場合、著者確認がなされていない可能性があります。 通常は"Editor assigned"や"Under review"などに変わります。 ご注意を。

公開データセット集・解析方法集

忘備録に。 統計、機械学習関係の教育機関サイト DataSets < Main < Vanderbilt Biostatistics Wiki UCI Machine Learning Repository stats.idre.ucla.edu Centre for Multilevel Modelling | Centre for Multilevel Modelling | University of Bristol Pur…

Rでダイアグラムを作成する

質的研究におけるCoding Tree library(data.tree) theme <- Node$new("テーマ") category1 <- theme$AddChild("あ") code1 <- category1$AddChild("い") code2 <- category1$AddChild("う") category2 <- theme$AddChild("AA") code3 <- category2$AddChild(…

評価者間信頼性(検者間信頼性) inter-rater reliabilityをRで算出する

IRRとは inter-rater reliability の略であり、 日本語では、評価者間信頼性となる。 評価者間信頼性 評価者間信頼性(検者間信頼性)は、2人以上の評価者が同じ対象を評価した場合の一致度です 評価者内信頼性 評価者内信頼性、検査者内信頼性は、同一評価…

【解決済】Anacondaが起動してすぐ落ちる問題

Macを使用していて、Pythonがすぐ落ちてしまい、何も出来ない。 anacondaプロンプトで以下を入力 conda update anaconda-navigator アップデートを行い、 anaconda-navigator 無事立ち上がりました。

RMarkdownで表を出力する

訳者の方からご恵贈頂いた、 Rプログラミング本格入門 第15章「生産性を高める」 より、とてもためになったので、自分なりに実践したことを記してみます。 動機 RMarkdownで出力したhtmlレポートに、キレイな表を入れたい。 やってみた carsをdata table型で…

reviseをwithdrawした話

今回は、「revise案件を取り下げたという実体験」を、ここにまとめておきます。 論文投稿から掲載までのプロセスは、 執筆→査読→リバイズ→受理 という流れです。 今回、とある雑誌にリバイズ(minor revision)になったにも関わらず、 まったくトンチンカン…

介護研究ことはじめ: Long-term care

介護の重要性 地域医療に携わって、介護の重要性を再認識する日々です。 先進国における、世界的な少子高齢化トレンドを反映して、 自宅で高齢者のことをみることが困難になっています。 そうして、療養施設などに頼るのですが、 なかなか需要と供給が追いつ…

Case report (症例報告) を投稿する2017

臨床をおこなっていると、貴重orメッセージ性のある症例にあたることがあります。 方法と結果は日常臨床で行っていることをcase presentationすれば良いし、introductionとdiscussionはしっかりと記載する必要があるので、臨床医の論文執筆の第一歩には最適…

Rを使って負の二項分布で回帰する Negative binomial regression

裾の長いカウントデータを扱いたい(外れ値が有る)ときに、負の二項分布を仮定したモデリングを考える。 MASS packageにはいっていたので、覚書として残しておく。 R: Fit a Negative Binomial Generalized Linear Model 以下で実行できる。 library(MASS) …

仮想通貨の勢力図をRを使って可視化する

今日は少し脱線して、仮想通貨情勢をRで調べてみる。 この記事を見ながら、自分で実装してみた。 今回、使うのは3つのパッケージ。 元記事にあったとおり、coinmarketcaprで仮想通貨のデータをとってきて、treemapで可視化。 米ドルではなく日本円で計算して…

CRANから消えた"Archived R package"をインストールしたい

質的研究に目覚めた朝。 論文を読んで、package "concord"をインストール! しようにもCRANの表舞台から削除されている。 そんな時、アーカイブされているpackageをインストールするのが、以下の方法。 *こちらを参考にしました。 # Download package tarbal…

論文を書く際の統計的表現について

論文執筆の際、p値はどう記載するんですか? 有効数字は? 有意差なしはNSだけでよいですか? 0.05未満は<0.05でよいのですか? ・・・ このように聞かれたり、議論になったりすることがあるので、纏めておきます。 あくまで、一例ですが、Annals of Interna…

Rを使って時系列データの変化点をみつける: changepoint

時系列データを扱う時に、変化点を見つけたいことがある。 Rにchangepointというパッケージがあるので、実装してみる。 1つのchangepointはdefaultのmethod = AMOCで良い。 複数のchangepointであれば、methodでPELT, SegNeighやBinSegを指定すれば良い。 #…

計量経済分析ことはじめ~時系列データを正しく扱う~

Rによる計量経済分析を読んだ。このシリーズはとても勉強になる。 書籍のHPはこちら キーワードと、キーとなるパッケージ・関数を列挙しておく。 時系列データを扱う時の問題点がわかりやすく解説されていて、よかった。 クロスセクションデータの回帰分析 …

効率的なR運用を目指して

Rの基礎とプログラミング技法 Rの基礎とプログラミング技法に、Rを効率よく扱うコツについて非常にわかりやすく載っていたので、トライしてみた。 第5章:効率的なプログラミング apply applyは、 ベクトル単位で処理できる lapplyはリストやデータフレーム…

分散分析についてANOVA(Analysis of Variance)

分散分析 数学いらずの医科統計学で、統計の概念的な理解を深めているのですが、 分散分析の理解については、以下の書籍や、リンクなどを参考に数式含めて再学習しました。 この東京大学出版会シリーズ、赤の統計学入門、緑の人文・社会科学の統計学と並んで…

Clinical Pictureを投稿する

前回、レターを投稿するで好評いただいたので、clinical pictureに関しても纏めておきます。これは2017年10月3日時点での情報です。 投稿先あれこれ NEJM Please include a title for your submission. The title should contain no more than eight words. …

macでzipをlockする

macでzipをlockする方法について覚書。 terminalでzipcloak <zipファイル名>を入力し、passを入れるだけ。以下を参考にしました。 www.atmarkit.co.jp

R markdownのknitr::opts_chunk設定をどうしているか。

忘備録的に。 私は、基本はこのスタイルで、 figureの縦横比が一致するようにしている。 tidyverseが静かに発動するようにしている。 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, out.width = 480, out.height = 480, fig.width = 7,fig.height = 7) library(tidyve…

レターを投稿する

レターとは いわゆるレターとは、簡単に言うと、読者の投稿欄へのお手紙です。論文を読んで浮かんだ疑問点について著者へ問い合わせ、議論します。 critical appraisal (批判的吟味)の力を養うことが出来ます。 たかがレター、とも言われますが、されどレタ…

これならわかる応用数学教室

読んだ。非常にわかりやすく記されていておすすめ。 最小二乗法 直行関数展開 フーリエ解析 離散フーリエ解析 固有値問題と2次形式 主軸変換とその応用 ウェーブレット解析 とにかく統計や計算機科学に関わる、(かつ、理解したい)人は、全員読んでおくと良…

tableone パッケージでtable1をつくる

臨床研究のtable1は 臨床系の研究で、図表を見ると、まず高確率で遭遇するtable1 八割がたこういう患者背景だ。 (リンク先が「図」表記になっているッ・・・!) これをいとも簡単に作成できるR packageがある。その名も・・・ tableone table1 = 表1だ。 …

AGREEII~ガイドライン評価のためのガイドライン

equator network The EQUATOR Network | Enhancing the QUAlity and Transparency Of Health Researchには、数々の論文執筆のためのガイドラインが載せられている。 AGREEII ガイドライン評価にもAGREEII (Appraisal of Guidelines for Research&Evaluation…

公共財はどのあたりが公共なのか

「今、僕は、とある山間部で仕事をしている。 朝、部屋で起きて、ご飯を食べて、コーヒーで一息入れる。 車にのり、道路を通って職場へと出かける。 或いは、公園の前を自転車で通って行っても良いかもしれない。 山の空気は澄んでいて、美味しい。」 あらゆ…

ggplot2で平均値の推移をプロットする

http://nfunao.web.fc2.com/files/sgplot_vs_ggplot2.pdf http://nfunao.web.fc2.com/files/R-ggplot2.pdf CRAN - Package doBy このあたりが参考になる。 ちなみに、 package “gplot"には、plotmeansという便利関数がある。

Deep Learningことはじめ

読んだ。 これ一冊でDeep Lerningの理解は事足りる。とにかくわかりやすく記述されている。 1章 Python入門 1.1 Pythonとは 1.2 Pythonのインストール 1.3 Pythonインタプリタ 1.4 Pythonスクリプトファイル 1.5 NumPy 1.6 Matplotlib 1.7 まとめ 2章 パーセ…

査読に関して

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