Yoshi Nishikawa Blog

医学となにかのインタラクティブ

ウェブ記事の引用について

ウェブ記事の引用について備忘録です。 日本語だと、JSTが、 参考文献の役割と書き方 という資料を出しています。 15ページを参照すると、 著者名. “ウェブページの題名”. ウェブサイトの名称. 更新日付. 入手先, (入手日付). と出ています。 英語でも色々…

症例報告の同意書の雛形

以前まとめた、 症例報告の同意について - Yoshi Nishikawa Blog の記事に関連して、症例報告の同意書のテンプレートについてお問い合わせをいただくことが増えました。 備忘のために、症例報告の同意書の雛形について、各種団体が挙げているものをまとめて…

個票と小票

今日は、備忘録として、個票と小票について記しておきます。 個票 「こひょう」の意味や使い方 わかりやすく解説 Weblio辞書 投票・集計・やアンケート等に使用された個々の票のこと。 アンケート調査など、一般的に用いられるのはこちらですね。 音が同じで…

Pubmedの検索結果をRayyanに取り込む

システマティックレビューのときに、Rayyan – Intelligent Systematic Review を用いて文献管理をしている。 どうやって 検索結果を保存して、Rayyan に取り込むか。PubMed を用いた際の備忘録。 Pubmedで検索して、上部のSaveから、All results, Pubmedを指…

RにJAGSを認識させた(rjagsがloadできないときの対処)

JAGS 解析でJAGSを使うことになった(OSはWindows 10)。 sourceforge.net JAGS: Just Another Gibbs Sampler 2021年10月11日時点の最新版はJAGS-4.3.0だ。 早速インストールする。 完了。 rjags R上で使うためにrjagsを使う。 インストールして、呼び出す i…

Author contribution / 論文著者の役割

投稿規定に導入されている雑誌も多いですが、 ICMJE( International Committee of Medical Journal Editors)の下記ページが参考になります。 http://www.icmje.org/recommendations/browse/roles-and-responsibilities/defining-the-role-of-authors-and-con…

マルチレベルモデルの学習に良いウェブコンテンツ

Course topics | Centre for Multilevel Modelling | University of Bristol 地域研究などで多用される、「マルチレベルモデル」の学習には、このブリストル大学のウェブサイトが秀逸です。 登録すれば、無料で閲覧できます。

日本語文献をレファレンスとして記す

地域のこと、日本初のこと、日本語文献を英文に引用したいことありませんか。 日本では当たり前だけど海外では全然知られていない、といった場合には、 日本語文献しかないことがあります。 英語論文執筆時に、このような日本語文献をレファレンスとして記載…

Rのggplot2で福島県南相馬市の地図を描く~もうすぐ野馬追

ggplot2で南相馬市の地図を描きたい 福島県南相馬市の方から相談を受け、Rの作図をしました。 こちらでは、南相馬市と、福島第一原子力発電所を地図上にプロットします。 パッケージは、 jpndistrict package | R Documentation sfとggplot2、geosphereで作…

Rで質問紙調査のサンプルサイズ計算を行う

今日は、質問紙調査でのサンプルサイズ計算をrで行います。 samplingbook を用います。 早速、関数からみていきましょう。 install.packages("samplesize") library(samplesize) sample.size.prop(e=, P=, N=, level=) Arguments e positive number specifyi…

WindowsでRstanをインストールした話~ Compilation ERROR の解決

Windows PCでrstanを使うべく、進めてみた、がうまくいかない。 compilation error その解決の備忘録として記しておく。 stan公式 RStan Getting Started (Japanese) · stan-dev/rstan Wiki · GitHub スペック Windows 10 64 bit R version 3.6.1 (2019-07-0…

レセプトデータから医療の実態に迫る

レセプト レセプト - Wikipedia は、医療報酬の明細書です。 まさにレシート、のことですね。 診療報酬の請求のためにつける病名があり、 実態を反映していないとの意見もありますが、 診療行為や病名と組み合わせて使えば、 診療実態を明らかにすることが可…

ベイズ統計分析によるデータモデリング入門 [ベイズ統計入門の決定版]

COI開示:特になし。 統計分析の教科書、データ分析の技術書、どんどん充実してきています。 でも、ベイズ統計モデリングを使いこなせていたでしょうか? 私の答えはNoでした。理由は、StanやBUGSといったベイズモデリングのためのコードを扱うハードルがあ…

Rで表記ゆれを癒やす:全角から半角へ

日本語データを扱うときに困ること 日本語データを分析するときにもっとも困ることは何でしょうか? それは、表記ゆれです。 送り仮名、漢字かな混じり、全角半角混じり、大文字小文字混じり・・・色々ありますが、 今回は、特に、全角と半角が混ざった表記…

Rで可視化する:可視化の方法とは

手持ちのデータを可視化する データの特徴を示すためには、グラフや図にすることが重要である。 いくつも可視化があるのだが、実際にそれぞれのグラフを作成するには、 データの性質を知る 可視化を実装する (実装の仕方を調べるために可視化の名称を知る) …

ワードに貼り付けた表の収まりがつかない

論文の表を、ワードに貼り付けて提出したい。医学論文ではよくあるシチュエーションです。 しかし、エクセルで作成した表は、横長の表になってしまって、ワードからはみ出て操作できない、そんな経験はありませんか? それ、自動サイズ調整で、解決できます…

Rでcsvファイルを出力する

Rでcsvファイルに出力したい。 write.csv(hoge, file = "test.csv") エクセルで開くことが出来るように、文字コードを指定する。 Microsoftコードページ932 - Wikipedia write.csv(hoge, file = "test.csv", fileEncoding = "CP932")

Rの出力結果欄の表示幅を変えたい

tableoneを用いて、2群比較の結果をRで出力したのに、上段に1群、下段に1群の並びになってしまう。 これは、出力欄の表示列数が原因。 options(max.print="99999",width="300") #widthは出力結果欄の表示列数 これで解決。 2群比較は左右に並びます。

試料・情報の提供に関する記録の 作成・保管等について

情報の授受関係を記録するときの方法について、よくまとまった資料がありましたので覚書に残しておきます。 試料・情報の提供に関する記録の 作成・保管等について(文部科学省 厚生労働省 経済産業省)

Bipartite Graph 2部グラフを描く

2部グラフを作成するため、type情報のTRUE/ FALSEを入力したい。 igraphのbipartite mappingを使うと良い。 g <- graph_from_data_frame(data, directed=TRUE) E(g)$weight <- data$N #重みづけ V(g)$type <- bipartite.mapping(g)$type #type情報を入れる

igraphを使って、データフレームから隣接行列を得る

column1=起点のnode、clumn2=終点のnode、column3=重み、のようなデータフレームがあって、隣接行列を得た。 まず、igraphデータに変換する。 g <- graph_from_data_frame(data, directed=TRUE) E(g)$weight <- data$data[,3] #重み 以下で隣接行列を取り出…

スライド内での引用方法について

researchguides.library.brocku.ca

症例報告の同意について

症例報告 これには、基本的には外部発表に際して、症例同意が必要です。 *ゲノムを用いるものなど、特殊なものは別で、倫理委員会による審査+同意が求められます。 倫理まわりの背景 個人情報保護法の改正に伴い、臨床研究まわりは倫理的配慮が厳格化されま…

【英語論文投稿の評価サイト】SciRev(サイレブ)で投稿先を見つける

英語論文発表までの道のり 英語論文は、執筆、投稿、査読、リバイズ、受理、と、長い道のりです。 そこで大切なのが、「投稿先」。 投稿先を決める際に気にすること 投稿先を決める際に、雑誌のScope、読者層、出版社の国、などを気にします。 でも、実務上…

症例報告、英語論文投稿までのプロセス

症例報告、英語論文投稿までのプロセス 今回は、症例報告、英語論文投稿までのプロセスを因数分解します。 英語論文は、書いていれば良いだけではなく、 以下のようなステップを経て、ようやく投稿できます。 着想 説明・同意 論文執筆 投稿先の体裁にあわせ…

Python plotlyを用いてSankey Diagram(サンキーダイアグラム)を作成する

Sankey Diagram(サンキーダイアグラム) plot.ly このダイアグラム、お金の流れや、エネルギーの流れなどでよく目にしますが、 Sankey Diagram(サンキーダイアグラム)と言うそうです。 Sankey Diagram(サンキー・ダイアグラム)は工程間の流量を表現する…

Community detection ~コミュニティを検出する~

コミュニティ検出 ネットワーク上で、コミュニティの検出をしたい 大きくわけて以下がある。 Null model Modularityを最大化 モジュラリティ - Wikipedia しかし、resolution limitという問題がある。 Resolution limit in community detection そのため、n…

Network Science をまなぶ

Network Science networksciencebook.com この本を読みながら勉強していきます! 参考資料 R+igraph - Kazuhiro Takemoto グラフ・ネットワーク分析で遊ぶ(1):グラフ可視化・描画手法 - 六本木で働くデータサイエンティストのブログ グラフ・ネットワーク分…

Microsoft Word (ワード) で校正結果と突合する〜変更内容の組み込み〜

以前のヴァージョンの原稿からの変更点を知りたい しかし、すべて書き換えられている、こんなことありませんか? 私は、英文校正を提出して、変更点をpdfでもらう。 しかし、肝心のMicrosoft Wordファイル(docファイルやdocxファイル)には、変更点の記載は…

Microsoft Word (ワード) で小数点を変更する

Microsoft Word (ワード) で小数点を書き換えたい 小数点の記載を 「.」(半角ピリオド)から「・」(半角中点) に変更したい。 文末のピリオドではなくて、小数点のピリオドだけを変更したい。 そんなときの話。 置換する 編集→検索→置換 を選択 高度な検索と…